Bei der Akkreditierung neuer Studiengänge begutachten die vom Akkreditierungsrat autorisierten Akkreditierungsagenturen die Qualität gestufter Studiengänge. Derzeit bestehen im Wesentlichen zwei Formen der Akkreditierung von Studiengängen: die Programmakkreditierung und das Verfahren der Systemakkreditierung. Darüber hinaus wird seit 2018 die Möglichkeit "alternativer Verfahren" eingeräumt, die von den Hochschulen selbst entwickelt werden können, jedoch mit Akkreditierungsrat und dem jeweiligen Land abgestimmt werden müssen.

Im Verfahren der Programmakkreditierung wird der Qualifizierungsprozess in einem einzelnen Studiengang (Bachelor- und Masterstudiengänge staatlicher oder staatlich anerkannter Hochschulen) näher betrachtet. Ein Studienprogramm wird nach den Strukturvorgaben der Kultusministerkonferenz bzw. den hierauf aufbauenden Leitlinien des Akkreditierungsrates auf die festgelegten Mindeststandards überprüft. Im Wesentlichen werden dabei die kennzeichnenden Elemente des jeweiligen Studienganges überprüft: die Zielsetzung, das Konzept, die Inhalte, die Ressourcen, das Implementierungsverfahren und die programmbezogene Qualitätssicherung. Das Akkreditierungszertifikat wird für den zu überprüfenden Studiengang verliehen, wenn der Studiengang das Verfahren erfolgreich durchlaufen hat.
Um den Kosten- und Zeitaufwand für die Hochschulen zu verringern, können einzelne Programmakkreditierungen affiner Studiengänge auch zu einem Bündel/Cluster zusammengefasst werden (Clusterakkreditierung). Jedoch bezieht sich die endgültige Akkreditierungsentscheidung nur auf den einzelnen Studiengang.

Auf Empfehlung des Akkreditierungsrates und mit Beschluss der Kultusministerkonferenz wurde zum 01. Januar 2008 das System der Akkreditierung von Studiengängen (Programmakkreditierung) durch ein Akkreditierungsverfahren von hochschulinternen Qualitätssicherungssystemen ergänzt.
Verbunden mit der sogenannten Systemakkreditierung ist

1.  „Die Hoffnung auf eine quantitative Entlastung vom Aufwand der Programmakkreditierung, der Ausweg aus der großen Zahl von Akkreditierungsverfahren
2. Die Erwartung, dass die Kosten der Akkreditierungsverfahren namhaft reduziert werden können,
3. Der Aufbau hochschulinterner Qualitätsmanagementsysteme, also die Rückkehr der kompletten Qualitätssicherung in die Eigenregie der Hochschulen und zugleich die Überwindung der bloß isolierten Betrachtung einzelner Studienprogramme zugunsten der Betrachtung der gesamten Palette des Studienangebots“ (Wolff 2009:10)*

Anders als in der Programmakkreditierung ist in der Systemakkreditierung nicht der einzelne Studiengang Gegenstand des Verfahrens, sondern im Fokus stehen alle für Studium und Lehre relevanten Prozesse einer Hochschule. Durch eine externe Begutachtung wird überprüft, ob das Qualitätssicherungssystem einer Hochschule, die Qualität der Studiengänge und die Einhaltung der formalen Vorgaben gewährleisten kann. Das zu akkreditierende Qualitätssicherungssystem und die hiermit verbundenen Strukturen und Prozesse müssen dazu geeignet sein, die Qualifikationsziele – inklusive der Geschlechtergerechtigkeit – sowie die hohe Qualität der Studiengänge sicher zu stellen und die Partizipation bei der Entwicklung und Reform von Studiengängen durch Lehrende, Studierende, AbsolventInnen sowie externe ExpertInnen und VertreterInnen der Berufspraxis zu gewährleisten. Bei erfolgreichem Abschluss des Verfahrens wird das Qualitätsmanagement einer Hochschule zertifiziert und gleichzeitig die hochschulinternen Studiengänge akkreditiert. Grundlegend für die Prüfung und Entscheidung der Akkreditierungskommission ist dabei die Einhaltung der Standards and Guidelines for Quality Assurance in Higher Education, die Vorgaben der Kultusministerkonferenz und die Kriterien des Akkreditierungsrates.

* Wolff, Klaus-Dieter: Prozessqualität des Studienangebots und ihre Akkreditierung. In: Benz, Winfried/Kohler, Jürgen/Landfried, Klaus (Hrsg.): Handbuch Qualität in Studium und Lehre. Evaluation nutzen - Akkreditierung sichern - Profil schärfen. Berlin 2009.